ID

45543

Description

Disclaimer: Der „GECCO - German Corona Consensus - Covid-19 Research-Dataset“ Inhalt, der auf dem Portal für medizinische Datenmodelle (MDM Portal) zu finden ist, ersetzt nicht den GECCO Datensatz auf simplifier.net. Für die Nutzung von GECCO-FHIR-Profilen verwenden Sie bitte die auf https://simplifier.net/ForschungsnetzCovid-19/ verfügbaren Profile. Der FHIR-Download auf MDM erzeugt lediglich eine FHIR-Fragebogenresource. Ziel Überarbeitung August 2021: höhere Kompatibilität mit der NUM-COMPASS-App bzw. der Schnittstelle zur zentralen Datenbank; Zwischenstand, gewisse Module sind noch nicht kompatibel mit der Schnittstelle (u.a. Medikation und Laborwerte; Beatmungstherapie ist aktuell doppelt hinterlegt) This version of the GECCO logical model is based on https://art-decor.org/art-decor/decor-datasets--covid19f-, and the implementation for REDCap by the University of Tübingen (3.3.2021), partially updated with https://simplifier.net/guide/GermanCoronaConsensusDataSet-ImplementationGuide/Home information. For actual use of FHIR profiles, please use the actual profiles available on https://simplifier.net/ForschungsnetzCovid-19/ResearchDatasetGECCO/~overview (FHIR download on MDM is only a FHIR questionnaire resource). This version is not compatible with the REDCap to FHIR GECCO converter of the University of Tübingen. It aims at a higher compatibility with the app generated for the NUM-COMPASS project (conversion to COMPASS-compatible FHIR questionnaire necessary) and from there with the central platform of the NUM-CODEX project. A few modules are not yet compatible (e.g. Medication and lab values; ventilation is currently double). Official German text from http://cocos.team/datasets.html: Zur Bewältigung der aktuellen Pandemie und der damit einhergehenden Behandlung von Patienten fördert das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) ein nationales Netzwerk der Universitätsmedizin im Kampf gegen COVID-19. Unter anderem soll das Netzwerk die Daten der behandelten COVID-19 Patienten systematisch erfassen und bündeln. Die Forschenden sollen die Behandlung der COVID-19-Patienten standardisiert erheben, verfolgen und analysieren. Die hohe Bedrohungslage hat zu intensiver wissenschaftlicher Aktivität zu COVID-19 geführt, wozu zahlreiche regionale, nationale und internationale epidemiologische Erhebungen und Registerstudien zählen. Der Konsensusdatensatz gibt der Wissenschaft um COVID-19 eine gemeinsame Sprache und Arbeitsgrundlage. Inofficial translation: In order to cope with the current pandemic and the associated treatment of patients, the Federal Ministry of Education and Research (BMBF) is funding a national network of university medicine in the fight against COVID-19. Among other things, the network will systematically collect and bundle the data of the treated COVID-19 patients. The researchers are to collect, track and analyze the treatment of COVID-19 patients in a standardized way. The high threat level has led to intensive scientific activity on COVID-19, including numerous regional, national and international epidemiological surveys and register studies. The consensus data set provides a common language and working basis for the science around COVID-19.

Link

https://simplifier.net/ForschungsnetzCovid-19/

Keywords

Versions (11)
  1. 9/29/20 9/29/20 - Sarah Riepenhausen
  2. 9/29/20 9/29/20 - Sarah Riepenhausen
  3. 10/9/20 10/9/20 -
  4. 10/28/20 10/28/20 -
  5. 1/13/21 1/13/21 - Sarah Riepenhausen
  6. 2/3/21 2/3/21 - Sarah Riepenhausen
  7. 2/3/21 2/3/21 - Sarah Riepenhausen
  8. 8/25/21 8/25/21 - Sarah Riepenhausen
  9. 9/2/21 9/2/21 - Sarah Riepenhausen
  10. 9/6/21 9/6/21 - Sarah Riepenhausen
  11. 1/5/23 1/5/23 - Sarah Riepenhausen
Copyright Holder

Nationales Forschungsnetzwerk der Universitätsmedizin zu Covid-19

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January 5, 2023

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GECCO - German Corona Consensus - Covid-19 Research-Dataset

German

Vitalparameter

13 forms  
Vitalparameter
Description

Vitalparameter

Alias
UMLS CUI-1
C0518766
Datum der Vitalparameter
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

datetime

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0518766
UMLS CUI [1,2]
C0011008
Kohlendioxidpartialdruck
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

float

Measurement units
  • mm[Hg]
Alias
UMLS CUI [1]
C1822070
LOINC[1]
2019-8
LOINC[2]
11557-6
LOINC[3]
2020-6
CompassGeccoItem
vitalSigns.pacCO2
mm[Hg]
Sauerstoffpartialdruck
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

float

Measurement units
  • mm[Hg]
Alias
UMLS CUI [1]
C0391840
LOINC[1]
2703-7
LOINC[2]
11556-8
LOINC[3]
2704-5
CompassGeccoItem
vitalSigns.paO2
mm[Hg]
FiO2
Description

FHIR-Mapping: Observation Synonyme: fraction of inspired oxygen; inspiratorische Sauerstofffraktion GECCO

Data type

float

Measurement units
  • %
Alias
UMLS CUI [1]
C0428167
SNOMED CT[1]
250774007
LOINC[1]
3150-0
CompassGeccoItem
vitalSigns.FiO2
%
pH-Wert
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

float

Measurement units
  • [pH]
Alias
UMLS CUI [1]
C0202165
LOINC[1]
2753-2
LOINC[2]
2746-6
LOINC[3]
2745-8
LOINC[4]
2744-1
LOINC[5]
19213-8
LOINC[6]
11558-4
CompassGeccoItem
vitalSigns.pH
[pH]
Atemfrequenz
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

integer

Measurement units
  • {breaths}/min
Alias
UMLS CUI [1]
C0231832
SNOMED CT[1]
86290005
LOINC[1]
9279-1
CompassGeccoItem
vitalSigns.respiratoryRate
{breaths}/min
Blutdruck diastolisch
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

integer

Measurement units
  • mm[Hg]
Alias
UMLS CUI [1]
C0428883
SNOMED CT[1]
271650006
LOINC[1]
8462-4
CompassGeccoItem
vitalSigns.diastolicBloodPressure
mm[Hg]
Blutdruck systolisch
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

integer

Measurement units
  • mm[Hg]
Alias
UMLS CUI [1]
C0871470
SNOMED CT[1]
271649006
LOINC[1]
8480-6
CompassGeccoItem
vitalSigns.systolicBloodPressure
mm[Hg]
Herzfrequenz
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

integer

Measurement units
  • {beats}/min
Alias
UMLS CUI [1]
C0018810
SNOMED CT[1]
364075005
LOINC[1]
8867-4
CompassGeccoItem
vitalSigns.heartRate
{beats}/min
Körpertemperatur
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

float

Measurement units
  • Cel
Alias
UMLS CUI [1]
C0005903
SNOMED CT[1]
386725007
LOINC[1]
8310-5
CompassGeccoItem
vitalSigns.bodyTemperature
Cel
Periphere Sauerstoffsättigung
Description

FHIR-Mapping: Observation GECCO

Data type

float

Measurement units
  • %
Alias
UMLS CUI [1]
C0428179
SNOMED CT[1]
431314004
LOINC[1]
2708-6
LOINC[2]
59408-5
LOINC[3]
20564-1
CompassGeccoItem
vitalSigns.peripheralOxygenSaturation
%
SOFA-Score
Description

SOFA-Score

Sepsis-related organ failure assessment score
Description

FHIR-Mapping: Observation = Score über das Ausmaß der Organschädigung bei Intensivpatient*innen. Für die 6 Organsysteme des SOFA-Scores wird jeweils der schlechteste Parameterwert des Tages gewertet. Der Score berechnet sich dann aus der Summe. Für jeden Bestandteil können Punkte von 0-4 erreicht werden, der Gesamtscore kann somit nur zwischen 0 und 24 liegen. GECCO

Data type

integer

Alias
UMLS CUI [1]
C3494459
CompassGeccoItem
vitalSigns.sofaScore
Atmung: PaO2/FiO2-Ratio (Horovitz-Quotient): Niedrigster Wert.
Description

optional GECCO

Data type

integer

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3494459
UMLS CUI [1,2]
C0035203
UMLS CUI [2]
C3897988
ZNS: Glasgow-Coma-Scale (GCS): Niedrigster Wert.
Description

optional GECCO

Data type

integer

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3494459
UMLS CUI [1,2]
C3714787
UMLS CUI [2]
C0017594
Kardiovaskuläres System: Die höchstmögliche Punktzahl wird gewertet.
Description

MAP (Mittlerer arterieller Druck): Niedrigster Wert. MAP = (SBD + 2x DBD) / 3 . (SBD, systolischer Blutdruck; DBD, diastolischer Blutdruck). Katecholamingabe (Dopamin, Dobutamin, (Nor)adrenalin): Über mindestens 1 Stunde. optional GECCO

Data type

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3494459
UMLS CUI [1,2]
C0007226
UMLS CUI [2]
C0428886
Leber: Gesamtbilirubin: Höchster Wert.
Description

optional GECCO

Data type

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0023884
UMLS CUI [1,2]
C3494459
UMLS CUI [2]
C0201913
Gerinnungssystem: Thrombozytenzahl: niedrigster Wert
Description

optional GECCO

Data type

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3494459
UMLS CUI [1,2]
C0005778
UMLS CUI [2]
C0032181
Niere: Serum-Kreatinin: Höchster Wert. Urinausscheidung: Niedrigster Wert.
Description

optional GECCO

Data type

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3494459
UMLS CUI [1,2]
C0022646
UMLS CUI [2]
C0201976
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Similar models

Vitalparameter

13 forms
Name
Type
Description | Question | Decode (Coded Value)
Data type
Alias
Item Group
Vitalparameter
C0518766 (UMLS CUI-1)
Vital Signs Date
Item
Datum der Vitalparameter
datetime
C0518766 (UMLS CUI [1,1])
C0011008 (UMLS CUI [1,2])
PaCO2
Item
Kohlendioxidpartialdruck
float
C1822070 (UMLS CUI [1])
2019-8 (LOINC[1])
11557-6 (LOINC[2])
2020-6 (LOINC[3])
vitalSigns.pacCO2 (CompassGeccoItem)
PaO2
Item
Sauerstoffpartialdruck
float
C0391840 (UMLS CUI [1])
2703-7 (LOINC[1])
11556-8 (LOINC[2])
2704-5 (LOINC[3])
vitalSigns.paO2 (CompassGeccoItem)
FiO2
Item
FiO2
float
C0428167 (UMLS CUI [1])
250774007 (SNOMED CT[1])
3150-0 (LOINC[1])
vitalSigns.FiO2 (CompassGeccoItem)
pH-Wert
Item
pH-Wert
float
C0202165 (UMLS CUI [1])
2753-2 (LOINC[1])
2746-6 (LOINC[2])
2745-8 (LOINC[3])
2744-1 (LOINC[4])
19213-8 (LOINC[5])
11558-4 (LOINC[6])
vitalSigns.pH (CompassGeccoItem)
Atemfrequenz
Item
Atemfrequenz
integer
C0231832 (UMLS CUI [1])
86290005 (SNOMED CT[1])
9279-1 (LOINC[1])
vitalSigns.respiratoryRate (CompassGeccoItem)
Blutdruck diastolisch
Item
Blutdruck diastolisch
integer
C0428883 (UMLS CUI [1])
271650006 (SNOMED CT[1])
8462-4 (LOINC[1])
vitalSigns.diastolicBloodPressure (CompassGeccoItem)
Blutdruck systolisch
Item
Blutdruck systolisch
integer
C0871470 (UMLS CUI [1])
271649006 (SNOMED CT[1])
8480-6 (LOINC[1])
vitalSigns.systolicBloodPressure (CompassGeccoItem)
Herzfrequenz
Item
Herzfrequenz
integer
C0018810 (UMLS CUI [1])
364075005 (SNOMED CT[1])
8867-4 (LOINC[1])
vitalSigns.heartRate (CompassGeccoItem)
Körpertemperatur
Item
Körpertemperatur
float
C0005903 (UMLS CUI [1])
386725007 (SNOMED CT[1])
8310-5 (LOINC[1])
vitalSigns.bodyTemperature (CompassGeccoItem)
Periphere Sauerstoffsättigung
Item
Periphere Sauerstoffsättigung
float
C0428179 (UMLS CUI [1])
431314004 (SNOMED CT[1])
2708-6 (LOINC[1])
59408-5 (LOINC[2])
20564-1 (LOINC[3])
vitalSigns.peripheralOxygenSaturation (CompassGeccoItem)
Item Group
SOFA-Score
SOFA-Score
Item
Sepsis-related organ failure assessment score
integer
C3494459 (UMLS CUI [1])
vitalSigns.sofaScore (CompassGeccoItem)
Item
Atmung: PaO2/FiO2-Ratio (Horovitz-Quotient): Niedrigster Wert.
integer
C3494459 (UMLS CUI [1,1])
C0035203 (UMLS CUI [1,2])
C3897988 (UMLS CUI [2])
SOFA Atmung
Code List
Atmung: PaO2/FiO2-Ratio (Horovitz-Quotient): Niedrigster Wert.
CL Item
0: PaO2/FiO2: > 400 mmHg (> 53,2 kPa) (0)
C3897988 (UMLS CUI-1)
C0205307 (UMLS CUI-2)
CL Item
1: PaO2/FiO2: 301-400 mmHg (39,9-53,1 kPa) (1)
C3897988 (UMLS CUI-1)
C0205161 (UMLS CUI-2)
C2945599 (UMLS CUI-3)
CL Item
2: PaO2/FiO2: 201-300 mmHg (26,6-39,8 kPa) (2)
C3897988 (UMLS CUI-1)
C0205161 (UMLS CUI-2)
C0205081 (UMLS CUI-3)
CL Item
3: PaO2/FiO2: 101-200 mmHg (13,3-26,5 kPa) (3)
C3897988 (UMLS CUI-1)
C0205161 (UMLS CUI-2)
C0205082 (UMLS CUI-3)
CL Item
4: PaO2/FiO2: ≤100 mmHg (< 13,3 kPa) (4)
C3897988 (UMLS CUI-1)
C0205161 (UMLS CUI-2)
C3641272 (UMLS CUI-3)
Item
ZNS: Glasgow-Coma-Scale (GCS): Niedrigster Wert.
integer
C3494459 (UMLS CUI [1,1])
C3714787 (UMLS CUI [1,2])
C0017594 (UMLS CUI [2])
SOFA: ZNS
Code List
ZNS: Glasgow-Coma-Scale (GCS): Niedrigster Wert.
CL Item
0: Glasgow Coma Scale (GCS): 15 (0)
C0017594 (UMLS CUI-1)
C0205307 (UMLS CUI-2)
CL Item
1: Glasgow Coma Scale (GCS): 13-14 (1)
C0017594 (UMLS CUI-1)
C2945599 (UMLS CUI-2)
CL Item
2: Glasgow Coma Scale (GCS): 10-12 (2)
C0017594 (UMLS CUI-1)
C0205081 (UMLS CUI-2)
CL Item
3: Glasgow Coma Scale (GCS): 6-9 (3)
C0017594 (UMLS CUI-1)
C0205082 (UMLS CUI-2)
CL Item
4: Glasgow Coma Scale (GCS): ≤ 5 (4)
C0017594 (UMLS CUI-1)
C3641272 (UMLS CUI-2)
Item
Kardiovaskuläres System: Die höchstmögliche Punktzahl wird gewertet.
text
C3494459 (UMLS CUI [1,1])
C0007226 (UMLS CUI [1,2])
C0428886 (UMLS CUI [2])
SOFA: Kardiovaskulär
Code List
Kardiovaskuläres System: Die höchstmögliche Punktzahl wird gewertet.
CL Item
0: MAP > 70 und keine Vasopressoren (0)
C0428886 (UMLS CUI-1)
C0205307 (UMLS CUI-2)
C0332288 (UMLS CUI-3)
C0042397 (UMLS CUI-4)
CL Item
1: MAP < 70 und keine Vasopressoren (1)
C0428886 (UMLS CUI-1)
C0205161 (UMLS CUI-2)
C0332288 (UMLS CUI-3)
C0042397 (UMLS CUI-4)
CL Item
2: Dopamin ≤5 μg/kg/min oder Dobutamin (jede Dosis) (2)
C0013030 (UMLS CUI-1)
C1708745 (UMLS CUI-2)
C0012963 (UMLS CUI-3)
CL Item
3: Dopamin >5 - ≤15 μg/kg/min ODER (Nor)adrenalin ≤0,1 μg/kg/min (3)
C0013030 (UMLS CUI-1)
C0205103 (UMLS CUI-2)
C0028351 (UMLS CUI-3)
C1708745 (UMLS CUI-4)
CL Item
4: Dopamin >15 μg/kg/min ODER (Nor)adrenalin >0,1 μg/kg/min (4)
C0013030 (UMLS CUI-1)
C0444956 (UMLS CUI-2)
C0028351 (UMLS CUI-3)
C0444956 (UMLS CUI-4)
Item
Leber: Gesamtbilirubin: Höchster Wert.
text
C0023884 (UMLS CUI [1,1])
C3494459 (UMLS CUI [1,2])
C0201913 (UMLS CUI [2])
SOFA: Leber
Code List
Leber: Gesamtbilirubin: Höchster Wert.
CL Item
0: Gesamtbilirubin: <1,2 mg/dl (< 20 μmol/l) (0)
C0201913 (UMLS CUI-1)
C0205307 (UMLS CUI-2)
CL Item
1: Gesamtbilirubin: 1,2-1,9 mg/dl (20-32 μmol/l) (1)
C0201913 (UMLS CUI-1)
C2945599 (UMLS CUI-2)
CL Item
2: Gesamtbilirubin: 2,0-5,9 mg/dl (33-101 μmol/l) (2)
C0201913 (UMLS CUI-1)
C0205081 (UMLS CUI-2)
CL Item
3: Gesamtbilirubin: 6,0-11,9 mg/dl (102-204 μmol/l) (3)
C0201913 (UMLS CUI-1)
C0205082 (UMLS CUI-2)
CL Item
4: Gesamtbilirubin: ≥12 mg/dl (≥205 μmol/l) (4)
C0201913 (UMLS CUI-1)
C3641272 (UMLS CUI-2)
Item
Gerinnungssystem: Thrombozytenzahl: niedrigster Wert
text
C3494459 (UMLS CUI [1,1])
C0005778 (UMLS CUI [1,2])
C0032181 (UMLS CUI [2])
SOFA: Gerinnung
Code List
Gerinnungssystem: Thrombozytenzahl: niedrigster Wert
CL Item
0: Thrombozytenzahl: >150 x 10^3/μl (0)
C0032181 (UMLS CUI-1)
C0205307 (UMLS CUI-2)
CL Item
1: Thrombozytenzahl: 100-149 x10^3/μl (1)
C0032181 (UMLS CUI-1)
C2945599 (UMLS CUI-2)
CL Item
2: Thrombozytenzahl: 50-99 x 10^3/μl (2)
C0032181 (UMLS CUI-1)
C0205081 (UMLS CUI-2)
CL Item
3: Thrombozytenzahl: 20-49 x 10^3/μl (3)
C0032181 (UMLS CUI-1)
C0205082 (UMLS CUI-2)
CL Item
4: Thrombozytenzahl: <20 x 10^3/μl (4)
C0032181 (UMLS CUI-1)
C3641272 (UMLS CUI-2)
Item
Niere: Serum-Kreatinin: Höchster Wert. Urinausscheidung: Niedrigster Wert.
text
C3494459 (UMLS CUI [1,1])
C0022646 (UMLS CUI [1,2])
C0201976 (UMLS CUI [2])
SOFA: Niere
Code List
Niere: Serum-Kreatinin: Höchster Wert. Urinausscheidung: Niedrigster Wert.
CL Item
0: Serum-Kreatinin und Urinausscheidung: <1,2 mg/dl (<110 μmol/l) (0)
C0201976 (UMLS CUI-1)
C0205307 (UMLS CUI-2)
CL Item
1: Serum-Kreatinin und Urinausscheidung: 1,2-1,9 mg/dl (110 -170 μmol/l) (1)
C0201976 (UMLS CUI-1)
C2945599 (UMLS CUI-2)
CL Item
2: Serum-Kreatinin und Urinausscheidung: 2,0-3,4 mg/dl (171- 299 μmol/l) (2)
C0201976 (UMLS CUI-1)
C0205081 (UMLS CUI-2)
CL Item
3: Serum-Kreatinin und Urinausscheidung: 3,5-4,9 mg/dl (300-440 μmol/l) ODER Harnausscheidung <500 ml/24h (3)
C0201976 (UMLS CUI-1)
C0205082 (UMLS CUI-2)
C1287298 (UMLS CUI-3)
C0205216 (UMLS CUI-4)
CL Item
4: Serum-Kreatinin und Urinausscheidung: ≥5,0 mg/dl (≥ 441 μmol/l) ODER Harnausscheidung <200 ml/24h (4)
C0201976 (UMLS CUI-1)
C3641272 (UMLS CUI-2)
C1287298 (UMLS CUI-3)
C0205216 (UMLS CUI-4)
C0205082 (UMLS CUI-5)
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