ID

41400

Description

This version of the GECCO dataset is mainly based on https://art-decor.org/art-decor/decor-datasets--covid19f- on the "final" version published mid to end September 2020. A few items implicated by comments/descriptions of items on art-decor have been added: "Datum der letzten Impfung" (date of last vaccination for all listed vaccinations), "Schweregrad" (Severity of Kidney Diseases), "Ort" (Location of vacation in the last 14 days), "Befund bildgebender Verfahren im Rahmen von COVID-19" added separately for all types of imaging procedures listed, "Symptom Schweregrad" (Severity of Symptoms) for each symptom listed, and an "NCT-/EudraCT-Nummer" item for Study participation. Official German text from http://cocos.team/datasets.html: Zur Bewältigung der aktuellen Pandemie und der damit einhergehenden Behandlung von Patienten fördert das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) ein nationales Netzwerk der Universitätsmedizin im Kampf gegen COVID-19. Unter anderem soll das Netzwerk die Daten der behandelten COVID-19 Patienten systematisch erfassen und bündeln. Die Forschenden sollen die Behandlung der COVID-19-Patienten standardisiert erheben, verfolgen und analysieren. Die hohe Bedrohungslage hat zu intensiver wissenschaftlicher Aktivität zu COVID-19 geführt, wozu zahlreiche regionale, nationale und internationale epidemiologische Erhebungen und Registerstudien zählen. Der Konsensusdatensatz gibt der Wissenschaft um COVID-19 eine gemeinsame Sprache und Arbeitsgrundlage. Inofficial translation: In order to cope with the current pandemic and the associated treatment of patients, the Federal Ministry of Education and Research (BMBF) is funding a national network of university medicine in the fight against COVID-19. Among other things, the network will systematically collect and bundle the data of the treated COVID-19 patients. The researchers are to collect, track and analyze the treatment of COVID-19 patients in a standardized way. The high threat level has led to intensive scientific activity on COVID-19, including numerous regional, national and international epidemiological surveys and register studies. The consensus data set provides a common language and working basis for the science around COVID-19. Additional source: https://simplifier.net/ForschungsnetzCovid-19/ResearchDatasetGECCO/~overview Not yet integrated: Items for "Data Absent Reason", "Certainty of Presence", "Uncertainty of Presence", and "Certainty of absence"; "therapeutic intention", "Medication Statement Status", "EventStatus"; longer versions of the ValueSets published separately from the variables in art-decor. UMLS-Annotations.

Link

https://art-decor.org/art-decor/decor-datasets--covid19f-

Keywords

  1. 9/29/20 9/29/20 - Sarah Riepenhausen
  2. 9/29/20 9/29/20 - Sarah Riepenhausen
  3. 10/9/20 10/9/20 -
  4. 10/28/20 10/28/20 -
  5. 1/13/21 1/13/21 - Sarah Riepenhausen
  6. 2/3/21 2/3/21 - Sarah Riepenhausen
  7. 2/3/21 2/3/21 - Sarah Riepenhausen
  8. 8/25/21 8/25/21 - Sarah Riepenhausen
  9. 9/2/21 9/2/21 - Sarah Riepenhausen
  10. 9/6/21 9/6/21 - Sarah Riepenhausen
  11. 1/5/23 1/5/23 - Sarah Riepenhausen
Copyright Holder

Nationales Forschungsnetzwerk der Universitätsmedizin zu Covid-19

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September 29, 2020

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Creative Commons BY 4.0

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GECCO - German Corona Consensus - Covid-19 Research-Dataset

Laborwerte

Laborwerte
Description

Laborwerte

SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG IA Ql
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Versionsdatum: 2020-04-08 Hinweis: Deutscher Text der Antwortmöglichkeiten von den Erstellern der MDM-Version von GECCO übersetzt. Nicht offiziell.

Data type

text

Alias
LOINC[1]
94563-4
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG IA Qn
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: [arb’U]/mL Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
94505-5
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Ql
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Versionsdatum: 2020-04-08 Hinweis: Deutscher Text der Antwortmöglichkeiten von den Erstellern der MDM-Version von GECCO übersetzt. Nicht offiziell.

Data type

text

Alias
LOINC[1]
94564-2
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Qn
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: [arb’U]/mL Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
94506-3
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA IA Ql
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Versionsdatum: 2020-04-08 Hinweis: Deutscher Text der Antwortmöglichkeiten von den Erstellern der MDM-Version von GECCO übersetzt. Nicht offiziell.

Data type

text

Alias
LOINC[1]
94562-6
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA IA Qn
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: [IU]/mL Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
94720-0
SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab IA Ql
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Versionsdatum: 2020-04-08 Hinweis: Deutscher Text der Antwortmöglichkeiten von den Erstellern der MDM-Version von GECCO übersetzt. Nicht offiziell.

Data type

text

Alias
LOINC[1]
94762-2
SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab IA Qn
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: [IU]/mL Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
94769-7
C-reactive protein
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: mg/L nmol/L mg/dL Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

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Alias
LOINC[1]
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Ferritin
Description

Units: ng/mL pmol/L Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[2]
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LOINC[3]
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LOINC[4]
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LOINC[5]
24373-3
Bilirubine
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: mg/dL umol/L Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[2]
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LOINC[3]
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LOINC[4]
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LOINC[5]
1971-1
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1975-2
D-dimer
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: ug/mL ug/L ng/mL ng/mL{FEU} ug/mL {FEU} ug/L{DDU} {titer} Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[3]
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7799-0
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LOINC[8]
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LOINC[9]
3246-6
LOINC[10]
48058-2
Gamma-GT
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: U/L Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
2325-9
LOINC[2]
2324-2
GOT/AST
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: U/L Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[2]
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LOINC[3]
1920-8
LDH
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: U/L Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[6]
14805-6
Kardiale Troponine
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: ug/L ng/L ng/mL Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[2]
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10839-9
Hämoglobin
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: mmol/L g/dL g/L Versionsdatum: 2020-04-08

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[2]
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LOINC[11]
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LOINC[12]
59260-0
Kreatinin
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: umol/L mg/dL Versionsdatum: 2020-05-04 12:03:14

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[2]
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LOINC[7]
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Laktat
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: mmol/L mg/dL Versionsdatum: 2020-05-04 12:03:56

Data type

float

Alias
LOINC[1]
14118-4
LOINC[2]
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LOINC[7]
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LOINC[10]
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LOINC[11]
27941-4
Leukozyten absolut
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: 10*3/uL Versionsdatum: 2020-05-04 12:08:14

Data type

float

Alias
LOINC[1]
804-5
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LOINC[4]
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Lymphozyten absolut
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: 10*3/uL Versionsdatum: 2020-05-04 12:09:02

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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LOINC[2]
731-0
LOINC[3]
30364-4
LOINC[4]
26474-7
Neutrophile absolut
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: 10*3/uL Versionsdatum: 2020-05-04 12:13:50

Data type

float

Alias
LOINC[1]
753-4
LOINC[2]
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LOINC[3]
26499-4
PTT
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: s Versionsdatum: 2020-05-04 12:14:20

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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3173-2
Thrombozyten absolut
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: 10*3/uL Versionsdatum: 2020-05-04 12:14:57

Data type

float

Alias
LOINC[1]
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INR
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: {INR} Versionsdatum: 2020-05-04 12:15:21

Data type

float

Alias
LOINC[1]
6301-6
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LOINC[3]
34714-6
Serum-Albumin
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: g/L umol/L g/dL Versionsdatum: 2020-05-19 12:02:54

Data type

float

Alias
LOINC[1]
76631-1
LOINC[2]
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54347-0
Antithrombin III
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Operationalisierung: Synonym: Antithrombin Units: % [IU]/mL Versionsdatum: 2020-05-19 12:03:12

Data type

float

Alias
LOINC[1]
3176-5
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LOINC[3]
3174-0
Procalcitonin
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: ng/mL Versionsdatum: 2020-05-22 18:09:45

Data type

float

Alias
LOINC[1]
75241-0
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Interleukin 6
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: pg/mL Versionsdatum: 2020-05-22 18:13:26

Data type

float

Alias
LOINC[1]
44322-6
LOINC[2]
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LOINC[3]
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LOINC[4]
49732-1
N-terminales B-Typ natriuretisches Peptid
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: pg/mL Versionsdatum: 2020-05-22 18:13:51

Data type

float

Alias
LOINC[1]
33762-6
Fibrinogen
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Units: g/L mg/dL Versionsdatum: 2020-05-22 18:14:47

Data type

float

Alias
LOINC[1]
30902-1
LOINC[2]
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LOINC[3]
3255-7
SARS-CoV-2-RT-PCR
Description

Kommentar: FHIR-Mapping: Observation Versionsdatum: 2020-05-22 18:15:50 Hinweis: Deutscher Text der Antwortmöglichkeiten von den Erstellern der MDM-Version von GECCO übersetzt. Nicht offiziell.

Data type

text

Alias
LOINC[1]
94500-6

Similar models

Laborwerte

Name
Type
Description | Question | Decode (Coded Value)
Data type
Alias
Item Group
Laborwerte
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG IA Ql
text
94563-4 (LOINC[1])
Code List
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG IA Ql
CL Item
Nachgewiesen (Detected)
260373001 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht nachgewiesen (Not-Detected)
260415000 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht eindeutig (Inconclusive)
419984006 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG IA Qn
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG IA Qn
float
94505-5 (LOINC[1])
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Ql
text
94564-2 (LOINC[1])
Code List
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Ql
CL Item
Nachgewiesen (Detected)
260373001 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht nachgewiesen (Not-Detected)
260415000 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht eindeutig (Inconclusive)
419984006 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Qn
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Qn
float
94506-3 (LOINC[1])
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA IA Ql
text
94562-6 (LOINC[1])
Code List
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA IA Ql
CL Item
Nachgewiesen (Detected)
260373001 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht nachgewiesen (Not-Detected)
260415000 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht eindeutig (Inconclusive)
419984006 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA IA Qn
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA IA Qn
float
94720-0 (LOINC[1])
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab IA Ql
text
94762-2 (LOINC[1])
Code List
SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab IA Ql
CL Item
Nachgewiesen (Detected)
260373001 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht nachgewiesen (Not-Detected)
260415000 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht eindeutig (Inconclusive)
419984006 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab IA Qn
Item
SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab IA Qn
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94769-7 (LOINC[1])
CRP
Item
C-reactive protein
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Ferritin
Item
Ferritin
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Bilirubin
Item
Bilirubine
float
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D-dimer
Item
D-dimer
float
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Gamma-GT
Item
Gamma-GT
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GOT/AST
Item
GOT/AST
float
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LDH
Item
LDH
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Kardiale Troponine
Item
Kardiale Troponine
float
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Hämoglobin
Item
Hämoglobin
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Kreatinin
Item
Kreatinin
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Laktat
Item
Laktat
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Leukozyten absolut
Item
Leukozyten absolut
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Item
Lymphozyten absolut
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Neutrophile absolut
Item
Neutrophile absolut
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Item
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Thrombozyten absolut
Item
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INR
Item
INR
float
6301-6 (LOINC[1])
46418-0 (LOINC[2])
34714-6 (LOINC[3])
Serum-Albumin
Item
Serum-Albumin
float
76631-1 (LOINC[1])
62235-7 (LOINC[2])
62234-0 (LOINC[3])
61152-5 (LOINC[4])
61151-7 (LOINC[5])
2862-1 (LOINC[6])
1751-7 (LOINC[7])
54347-0 (LOINC[8])
Antithrombin III
Item
Antithrombin III
float
3176-5 (LOINC[1])
91120-6 (LOINC[2])
3174-0 (LOINC[3])
PCT (Procalcitonin)
Item
Procalcitonin
float
75241-0 (LOINC[1])
33959-8 (LOINC[2])
IL-6 (Interleukin 6)
Item
Interleukin 6
float
44322-6 (LOINC[1])
26881-3 (LOINC[2])
49919-4 (LOINC[3])
49732-1 (LOINC[4])
NT-pro-BNP
Item
N-terminales B-Typ natriuretisches Peptid
float
33762-6 (LOINC[1])
Fibrinogen
Item
Fibrinogen
float
30902-1 (LOINC[1])
48664-7 (LOINC[2])
3255-7 (LOINC[3])
Item
SARS-CoV-2-RT-PCR
text
94500-6 (LOINC[1])
Code List
SARS-CoV-2-RT-PCR
CL Item
Nachgewiesen (Detected)
260373001 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht nachgewiesen (Not-Detected)
260415000 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)
CL Item
Nicht eindeutig (Inconclusive)
419984006 (SNOMED CT[1])
Text des Codelistitems und CodedValue nicht im Original hinterlegt (Comment)

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