Semantically Annotated Metadata: Interconnecting Samply.MDR and MDMPortal Vengadeswaran A, Neuhaus P, Hegselmann S, Storf H, Kadioglu S
Common Data Elements for Acute Coronary Syndrome: Analysis Based on the Unified Medical Language System. Kentgen M, Varghese J, Samol A, Waltenberger J, Dugas M
Compatible Data Models at Design Stage of Medical Information Systems: Leveraging Related Data Elements from the MDM Portal. Dugas M, Hegselmann S, Riepenhausen S, Neuhaus P, Greulich L, Meidt A, Varghese J
Portal of Medical Data Models: Status 2018. Riepenhausen S, Varghese J, Neuhaus P, Storck M, Meidt A, Hegselmann S, Dugas M
CDEGenerator: an online platform to learn from existing data models to build model registries Varghese, Julian; Fujarski, Michael; Hegselmann, Stefan; Neuhaus, Philipp; Dugas, Martin (2018). In Clinical Epidemiology Volume 10, pp. 961–970. DOI:10.2147/CLEP.S170075
A Web Service to Suggest Semantic Codes Based on the MDM-Portal. Hegselmann S, Storck M, Geßner S, Neuhaus P, Varghese J, Dugas M
Standardising the Development of ODM Converters: The ODMToolBox. Soto-Rey I, Neuhaus P, Bruland P, Geßner S, Varghese J, Hegselmann S, Brix T, Dugas M, Storck m
The Portal of Medical Data Models: Where Have We Been and Where Are We Going? Geßner S, Neuhaus P, Varghese J, Bruland P, Meidt A, Soto-Rey I, Doods J, Dugas M
Operational Data Model Conversion to ResearchKit. Soto-Rey I, Geßner S, Dugas M
Automated Transformation of CDISC ODM to OpenClinica. Geßner S, Storck M, Hegselmann S, Dugas M, Soto-Rey I
Automatic Conversion of Metadata from the Study of Health in Pomerania to ODM. Hegselmann S, Geßner S, Neuhaus P, Henke J, Schmidt CO, Dugas M
Design of case report forms based on a public metadata registry: re-use of data elements to improve compatibility of data Dugas M., Trials. 2016;17:566.
Sharing clinical trial data. Dugas M
ODMedit: uniform semantic annotation for data integration in medicine based on a public metadata repository Dugas M., Meidt A., Neuhaus P., Storck M., Varghese J., BMC Med Res Methodol. 2016; 16: 65.
Portal of medical data models: information infrastructure for medical research and healthcare Dugas M., Neuhaus P., Meidt A., Doods J., Storck M., Bruland P., Varghese J., Database (Oxford). 2016 Feb 11;2016.
Converting ODM Metadata to FHIR Questionnaire Resources. Doods J, Neuhaus P, Dugas M
Key Data Elements in Myeloid Leukemia. Varghese J, Holz C, Neuhaus P, Bernardi M, Boehm A, Ganser A, Gore S, Heaney M, Hochhaus A, Hofmann WK, Krug U, Müller-Tidow C, Smith A, Weltermann A, de Witte T, Hehlmann R, Dugas M
Memorandum Open Metadata Dugas M., Jöckel K.-H., Friede T., Gefeller O., Kieser M., Marschollek M., Ammenwerth E., Röhrig R., Knaup-Gregori P., Prokosch H.-U., Methods Inf Med. 2015;54(4):376-8.
Tutorial
In unseren Videotutorials können Sie sich mit den Funktionen und der Arbeit im MDM-Portal vertraut machen.
Datenmodellsuche
In diesem Video wird gezeigt, wie Datenmodelle im MDM-Portal gesucht, sortiert und gefiltert werden können. Die Suchfunktionen stehen Nutzern auch ohne Registrierung/Anmeldung im MDM-Portal zur Verfügung.
Informationen und Funktionen der Modellansicht
In diesem Video werden die Informationen und Funktionen, die in der Modellansicht des MDM-Portals zur Verfügung stehen, demonstriert. Zu den Funktionen gehören u.a. die Bewertung, Kommentierung, Überarbeitung und der Download der Datenmodelle. Die meisten Information stehen auch ohne Registrierung/Anmeldung zur Verfügung, die Funktionen erst nach Anmeldung. Download und Überarbeitung (als Variante der Datenmodellerstellung) sind in separaten Videos detaillierter dargestellt.
Datenmodelldownload
In diesem Video werden die verschiedenen Download-Optionen des MDM-Portals dargestellt. Nur registrierte/angemeldete Nutzer können Datenmodelle herunterladen (Hinweis: Downloadlimit von 50/Woche für einfache Nutzer).
Itemsuche im MetaData Registry
In diesem Video wird gezeigt, wie über das MetaData-Registry des MDM-Portals Items und oft zusammen mit diesen abgefragte Items - sog. Related Items - gesucht und ihre Eigenschaften inkl. der Häufigkeit der Verwendung eingesehen werden können. Das MetaData-Registry – kurz MDR – steht nur Nutzern mit Registrierung zur Verfügung.
Datenmodellerstellung und -bearbeitung mit dem ODMEdit Tool
In diesem Video geht es um die Erstellung und Bearbeitung von ODM-Dateien bzw. Datenmodellen aus dem Portal mit dem ODMEdit Tool. Auf die Struktur von ODM-Dateien (Operational Data Model vom Clinical Data Interchange Standards Consortium) wird hierbei nicht eingegangen. Die Formularerstellung ist nur für angemeldete User verfügbar. Mehr zur semantischen Annotation und zum Upload in den entsprechenden Videos.
Semantische Annotation mit UMLS-Codes mit dem ODMEdit Tool
Dieses Video ist eine Einführung in die semi-automatische semantische Annotation mit UMLS-Codes mit dem MDM-Portal und dem ODMEdit tool. Das Ziel ist nicht, semantische Annotation an sich zu erläutern oder alle Sonderfälle, die evtl. auftauchen könnten darzulegen. Es soll befähigen, einfache semantische Annotationen mit der vorhandenen Wissensbasis des MDM-Portals für einfache Datenelemente vorzunehmen. Komplexe Datenelemente – wie manche Ein-/Ausschlusskriterien – erfordern die Berücksichtigung weiterführender Kodierrichtlinien.
Für die Nutzung des ODMEdit-Tools ist eine Registrierung/Anmeldung im Portal notwendig.
Datenmodellupload
In diesem Video geht es um den Upload von ODM-Dateien ins MDM-Portal als neuer Upload oder Update eines alten Datenmodells und was dabei zu beachten ist (u.a. Zuordnung von Lizenzen, Copyrightholder und Stichworten). Die Funktionen stehen nur angemeldeten Nutzern zur Verfügung.
(Hinweis: Uploads von einfachen Usern gelangen zunächst in einen Wartestatus. Sie sind darin bis zur Bestätigung durch einen Administrator nur für den Uploader selbst und Administratoren sichtbar).
Semantische Vergleiche mit dem CDEGenerator
In diesem Video geht es um semantische Vergleiche von Datenmodellen mit dem Tool CDEGenerator.