ID

45965

Descrizione

Principal Investigator: Jorge Di Paola, MD, University of Colorado Denver Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA MeSH: Thrombocytopenia,Abnormal Erythrocytes,B-Cell Leukemia https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000873 A family with a history of bleeding, variable thrombocytopenia, red cell macrocytosis and two cases of pre B-cell acute lymphoblastic leukemia was studied in a single visit. The family was assessed for bleeding history using a bleeding questionnaire. Additionally, complete blood counts were measured and whole blood was collected from five affected individuals and three unaffected individuals for DNA extraction and whole exome sequencing. The goal of this study is to determine the genetic cause of thrombocytopenia, red cell macrocytosis, and predisposition to leukemia in a family. It is hoped that the information obtained from this study will help researchers understand the genetic and molecular basis of platelet and red cell production, as well as leukemia predisposition.

collegamento

dbGaP study=phs000873

Keywords

  1. 3/26/24 3/26/24 - Madita Rudolph
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Jorge Di Paola, MD, University of Colorado Denver Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA

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March 26, 2024

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dbGaP phs000873 Exome sequencing of a family with thrombocytopenia and leukemia

Sample - Attribute Information

pht004559
Descrizione

pht004559

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
De-identified Sample ID
Descrizione

SAMPLE_ID

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C1299222
Body site where sample was collected
Descrizione

BODY_SITE

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0449705
Analyte Type
Descrizione

ANALYTE_TYPE

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4744818
Tumor status
Descrizione

IS_TUMOR

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0475752
Cell or tissue type or subtype of sample
Descrizione

HISTOLOGICAL_TYPE

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C2347026
UMLS CUI [1,2]
C0007634
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C0332307
UMLS CUI [2,1]
C2347026
UMLS CUI [2,2]
C0007634
UMLS CUI [2,3]
C0449560
UMLS CUI [3,1]
C1292533
UMLS CUI [3,2]
C0332307
UMLS CUI [4,1]
C1292533
UMLS CUI [4,2]
C0449560
Primary tumor, metastasis, or transformed cell line
Descrizione

PRIMARY_METASTATIC_TUMOR

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0677930
UMLS CUI [2,1]
C0027627
UMLS CUI [3,1]
C0007601
Name of the center which conducted sequencing
Descrizione

SEQUENCING_CENTER

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1301943
UMLS CUI [1,2]
C0565990
UMLS CUI [1,3]
C1561491

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Sample - Attribute Information

Name
genere
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo di dati
Alias
Item Group
pht004559
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
SAMPLE_ID
Item
De-identified Sample ID
string
C4684638 (UMLS CUI [1,1])
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BODY_SITE
Item
Body site where sample was collected
string
C0449705 (UMLS CUI [1,1])
ANALYTE_TYPE
Item
Analyte Type
string
C4744818 (UMLS CUI [1,1])
Item
Tumor status
text
C0475752 (UMLS CUI [1,1])
Code List
Tumor status
CL Item
Is not a tumor (N)
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CL Item
Is Tumor (Y)
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HISTOLOGICAL_TYPE
Item
Cell or tissue type or subtype of sample
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PRIMARY_METASTATIC_TUMOR
Item
Primary tumor, metastasis, or transformed cell line
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SEQUENCING_CENTER
Item
Name of the center which conducted sequencing
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C1301943 (UMLS CUI [1,1])
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