ID

45798

Descrizione

Principal Investigator: MeSH: Stunting,Growth Disorders,Malnutrition,Epigenomics,Virus Diseases,Parasitic Diseases,Digestive System Diseases,Respiratory Tract Diseases,Nervous System Diseases,Nutritional and Metabolic Diseases,Immune System Diseases,Disorders of Environmental Origin https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001073 The PROVIDE study (Dhaka, Bangladesh) is a randomized clinical trial platform which evaluated the efficacy of delayed-dose oral rotavirus vaccine as well as the benefit of an injectable polio vaccine replacing one dose of oral polio vaccine. This rigorous infrastructure supported the additional examination of hypotheses of vaccine underperformance. Primary and secondary efficacy and immunogenicity measures for rotavirus and polio vaccines were measured, as well as the impact of maternal and childhood malnutrition, environmental enteropathy, and additional exploratory variables. This study has been conducted to test the role of epigenetics in malnutrition, specifically the genome-wide role of histone modifications, which are known to provide a precise signature of metabolic state and immune system function.

collegamento

dbGaP-study=phs001073

Keywords

versioni (1)
  1. 23.06.23 23.06.23 - Chiara Middel
Titolare del copyright

David Auble, Ph.D. Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Virginia Health System, Charlottesville, VA, USA; William Petri, M.D., Ph.D. Division of Infectious Diseases and International Health, University of Virginia Health Systema, Charlottesville, VA, USA; Rashidul Haque, M.B., Ph.D. International Centre for Diarrhoeal Disease Research, Dhaka, Bangladesh

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23. Juni 2023

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dbGaP phs001073 Epigenetic Analysis of Malnutrition

Inglese

This subject phenotypes data table includes subject's sex, age at sample draw, gender, height and weight measurements at various weeks (n=8 variables), BMI, biomarkers at various weeks (n=10 variables; vitamin D, retinol binding protein, ferritin, zinc, C-reactive protein, CD14, Reg1B, and IL-6), and status of malnutrition.

6 moduli  
pht005955
Descrizione

pht005955

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
De-identified Subject ID
Descrizione

SUBJECT_ID

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C2348585
When samples were drawn in weeks of age
Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
  • Weeks
Alias
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Weeks
Gender of subject
Descrizione

gender

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
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Status at 53 weeks of age
Descrizione

Status__at_53_weeks

Tipo di dati

string

Alias
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Height for age z score at 18 weeks of age
Descrizione

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Tipo di dati

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Alias
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Height for age z score at 52 weeks of age
Descrizione

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Tipo di dati

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Alias
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C0439230
Change in (delta) Height for age z score at 52 weeks of age
Descrizione

Delta_HAZ_wk52

Tipo di dati

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Alias
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Weight for age z score at 18 weeks of age
Descrizione

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Tipo di dati

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Alias
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Weight for age z score at 52 weeks of age
Descrizione

waz_wk52

Tipo di dati

float

Alias
UMLS CUI [1,1]
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C0871421
UMLS CUI [1,3]
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UMLS CUI [1,4]
C0439230
Change in (delta) weight for age z score at 52 weeks of age
Descrizione

Delta_WAZ_wk52

Tipo di dati

float

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0443172
UMLS CUI [1,2]
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UMLS CUI [1,3]
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C0001779
UMLS CUI [1,5]
C0439230
Height of individual (mother)
Descrizione

height

Tipo di dati

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Unità di misura
  • Centimeters
Alias
UMLS CUI [1,1]
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UMLS CUI [1,2]
C0026591
Centimeters
Body mass index of individual (wt in kg/ht in meter 2; mother)
Descrizione

BMI

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • kg/m2
Alias
UMLS CUI [1,1]
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C0026591
kg/m2
Weight of individual (mother)
Descrizione

weight

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • Kilograms
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0005910
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C0026591
Kilograms
Vitamin D at 6 weeks of age
Descrizione

vitd_wk6

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • d nmol/L
Alias
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C0011008
UMLS CUI [1,3]
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C0439230
d nmol/L
Vitamin D at 18 weeks of age
Descrizione

vitd_18wk

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • d nmol/L
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0919758
UMLS CUI [1,2]
C0011008
UMLS CUI [1,3]
C0001779
UMLS CUI [1,4]
C0439230
d nmol/L
Retinol binding protein at 6 weeks of age
Descrizione

rbp_wk6

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • ng/mL
Alias
UMLS CUI [1,1]
C1446172
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C0011008
UMLS CUI [1,3]
C0001779
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C0439230
ng/mL
Ferritin at 6 weeks of age
Descrizione

fer_wk18

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • ng/mL
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0015879
UMLS CUI [1,2]
C0011008
UMLS CUI [1,3]
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C0439230
ng/mL
Zinc at 6 weeks of age
Descrizione

zn_wk6

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • ug/L
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0373748
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C0011008
UMLS CUI [1,3]
C0001779
UMLS CUI [1,4]
C0439230
ug/L
C-reactive protein at 6 weeks of age
Descrizione

crp_wk6

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • mg/L
Alias
UMLS CUI [1,1]
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UMLS CUI [1,2]
C0011008
UMLS CUI [1,3]
C0001779
UMLS CUI [1,4]
C0439230
mg/L
C-reactive protein at 18 weeks of age
Descrizione

crp_wk18

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • mg/L
Alias
UMLS CUI [1,1]
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C0011008
UMLS CUI [1,3]
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C0008972
UMLS CUI [1,5]
C0439230
mg/L
Soluble CD14 at 6 weeks of age
Descrizione

sCD14_wk6

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • pg/mL
Alias
UMLS CUI [1,1]
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pg/mL
Reg1B at 12 weeks of age
Descrizione

Reg1B_wk12

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • ug/mL
Alias
UMLS CUI [1,1]
C1307266
UMLS CUI [1,2]
C0011008
UMLS CUI [1,3]
C0001779
UMLS CUI [1,4]
C0439230
ug/mL
IL-6 at 18 weeks of age
Descrizione

IL-6_wk18

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • pg/mL
Alias
UMLS CUI [1,1]
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UMLS CUI [1,2]
C0011008
UMLS CUI [1,3]
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pg/mL
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This subject phenotypes data table includes subject's sex, age at sample draw, gender, height and weight measurements at various weeks (n=8 variables), BMI, biomarkers at various weeks (n=10 variables; vitamin D, retinol binding protein, ferritin, zinc, C-reactive protein, CD14, Reg1B, and IL-6), and status of malnutrition.

6 moduli
Name
genere
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo di dati
Alias
Item Group
pht005955
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
SUBJECT_ID
Item
De-identified Subject ID
string
C4684638 (UMLS CUI [1,1])
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age_sample_draw
Item
When samples were drawn in weeks of age
text
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gender
Item
Gender of subject
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Item
Status at 53 weeks of age
string
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Status__at_53_weeks
Code List
Status at 53 weeks of age
CL Item
Malnourished (Mal)
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Item
Height for age z score at 18 weeks of age
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haz_wk52
Item
Height for age z score at 52 weeks of age
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Item
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Item
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waz_wk52
Item
Weight for age z score at 52 weeks of age
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Item
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Item
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Item
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Item
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Item
Vitamin D at 6 weeks of age
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Item
Vitamin D at 18 weeks of age
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Item
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Item
Ferritin at 6 weeks of age
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Item
Zinc at 6 weeks of age
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Item
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crp_wk18
Item
C-reactive protein at 18 weeks of age
float
C0006560 (UMLS CUI [1,1])
C0011008 (UMLS CUI [1,2])
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sCD14_wk6
Item
Soluble CD14 at 6 weeks of age
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C1948047 (UMLS CUI [1,1])
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Reg1B_wk12
Item
Reg1B at 12 weeks of age
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IL-6_wk18
Item
IL-6 at 18 weeks of age
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C0919829 (UMLS CUI [1,1])
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C0439230 (UMLS CUI [1,4])
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