ID

45591

Descrizione

Principal Investigator: James T. Elder, MD, PhD, Department of Dermatology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA MeSH: Psoriasis https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001306 The genotypes obtained from the Affymetrix Biobank Plus array constituted one of eight Caucasian datasets used in a large genome-wide meta-analysis of the association of psoriasis cases versus unaffected controls. With a combined effective sample size of 39,000 individuals, this study identified 16 new psoriasis loci achieving genome-wide significance, increasing the total number of identified psoriasis loci for European-ancestry populations to 63.

collegamento

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001306

Keywords

  1. 01/02/23 01/02/23 - Dr. med. Lucy Kessler
Titolare del copyright

James T. Elder, MD, PhD, Department of Dermatology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA

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1 febbraio 2023

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dbGaP phs001306 Large Scale Meta-analysis Characterizes Genetic Architecture for Common Psoriasis-associated Variants

This sample attributes table contains sample IDs, body site, analyte type, histological type, tumor status, DNA concentration, coefficient of variation between two pico readings, dish QC metric, cluster call rate, heterozygous SNP genotypes, sample status, and name of the center which conducted genotyping.

pht006190
Descrizione

pht006190

De-identified Sample ID
Descrizione

Sample_ID

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C1299222
Body site where sample was collected
Descrizione

Body_Site

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0449705
Analyte Type of the sample
Descrizione

Analyte_Type

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4744818
Cell or tissue type or subtype of sample
Descrizione

Histological_Type

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C2347026
UMLS CUI [1,2]
C0007634
UMLS CUI [1,3]
C0332307
UMLS CUI [2,1]
C1292533
UMLS CUI [2,2]
C0332307
Tumor status
Descrizione

Is_Tumor

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0475752
Affymetrix PicoGreen concentration of the DNA sample
Descrizione

DNA_Concentration

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • ng per uL
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0444245
UMLS CUI [1,2]
C4085938
UMLS CUI [1,3]
C0389638
UMLS CUI [1,4]
C1446561
ng per uL
Coefficient of variation between two pico readings for a sample.
Descrizione

CVpct

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • percentage
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0389638
UMLS CUI [1,2]
C1975904
percentage
Dish QC metric.
Descrizione

dQC

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0034378
UMLS CUI [1,2]
C0699680
The Axiom GT1 cluster call rate of the best array.
Descrizione

Cluster_CR

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
(# heterozygous SNP genotypes)/(total # SNPs called)
Descrizione

Het_Rate

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • percentage
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0752046
UMLS CUI [1,2]
C4288115
percentage
Status of the sample based on Affymetrix QC metrics.
Descrizione

Sample_Status

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0370003
UMLs CUI [1, 2]
C0449438
Name of the center which conducted genotyping
Descrizione

Genotyping_Center

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1707515

Similar models

This sample attributes table contains sample IDs, body site, analyte type, histological type, tumor status, DNA concentration, coefficient of variation between two pico readings, dish QC metric, cluster call rate, heterozygous SNP genotypes, sample status, and name of the center which conducted genotyping.

Name
genere
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo di dati
Alias
Item Group
pht006190
Sample_ID
Item
De-identified Sample ID
string
C4684638 (UMLS CUI [1,1])
C1299222 (UMLS CUI [1,2])
Body_Site
Item
Body site where sample was collected
string
C0449705 (UMLS CUI [1,1])
Item
Analyte Type of the sample
string
C4744818 (UMLS CUI [1,1])
Code List
Analyte Type of the sample
CL Item
not available (indicating no depositied genotypes for this sample) (NA)
C0686905 (UMLS CUI [1,1])
Histological_Type
Item
Cell or tissue type or subtype of sample
string
C2347026 (UMLS CUI [1,1])
C0007634 (UMLS CUI [1,2])
C0332307 (UMLS CUI [1,3])
C1292533 (UMLS CUI [2,1])
C0332307 (UMLS CUI [2,2])
Is_Tumor
Item
Tumor status
string
C0475752 (UMLS CUI [1,1])
DNA_Concentration
Item
Affymetrix PicoGreen concentration of the DNA sample
text
C0444245 (UMLS CUI [1,1])
C4085938 (UMLS CUI [1,2])
C0389638 (UMLS CUI [1,3])
C1446561 (UMLS CUI [1,4])
CVpct
Item
Coefficient of variation between two pico readings for a sample.
text
C0389638 (UMLS CUI [1,1])
C1975904 (UMLS CUI [1,2])
dQC
Item
Dish QC metric.
text
C0034378 (UMLS CUI [1,1])
C0699680 (UMLS CUI [1,2])
Cluster_CR
Item
The Axiom GT1 cluster call rate of the best array.
text
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
Het_Rate
Item
(# heterozygous SNP genotypes)/(total # SNPs called)
text
C0752046 (UMLS CUI [1,1])
C4288115 (UMLS CUI [1,2])
Sample_Status
Item
Status of the sample based on Affymetrix QC metrics.
string
C0370003 (UMLS CUI [1,1])
C0449438 (UMLs CUI [1, 2])
Item
Name of the center which conducted genotyping
string
C1707515 (UMLS CUI [1,1])
Code List
Name of the center which conducted genotyping
CL Item
not available (indicating no depositied genotypes for this sample) (NA)
C0686905 (UMLS CUI [1,1])

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