ID

45575

Beschreibung

Principal Investigator: Mark Silverberg, MD., PhD, Zane Cohen Centre for Digestive Diseases, Mount Sinai Hospital, Toronto, ON, CANADA MeSH: Inflammatory Bowel Diseases,Crohn Disease,Colitis, Ulcerative,Pouchitis,Adenomatous Polyposis Coli https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000659 This study involved evaluation of the tissue associated microbiome of the ileal pouch following surgery for ulcerative colitis (UC) or familial adenomatous polyposis (FAP). Individuals were recruited, with biopsies taken from the ileal pouch and the pre-pouch ileum, microbial DNA was extracted and sequenced using 454 pyrosequencing. Total bacterial community structure and abundance were evaluated to determine which changes were characteristic of inflammatory phenotypes including pouchitis (inflammation of the ileal pouch) and a Crohn's disease-like phenotype.

Link

dbGaP study = phs000659

Stichworte

  1. 24.01.23 24.01.23 - Simon Heim
Rechteinhaber

Mark Silverberg, MD., PhD, Zane Cohen Centre for Digestive Diseases, Mount Sinai Hospital, Toronto, ON, CANADA

Hochgeladen am

24. Januar 2023

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Creative Commons BY 4.0

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dbGaP phs000659 Mount Sinai Hospital (MSH, Toronto, CANADA) pelvic pouch microbiome study

Sample - Attribute Information

pht003524
Beschreibung

pht003524

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
De-identified Sample ID
Beschreibung

#SampleID

Datentyp

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C1299222
Body site where sample was collected
Beschreibung

BODY_SITE

Datentyp

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0449705
Analyte Type
Beschreibung

ANALYTE_TYPE

Datentyp

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4744818
Tumor status
Beschreibung

IS_TUMOR

Datentyp

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0475752
Name of the center which conducted sequencing
Beschreibung

SEQUENCING_CENTER

Datentyp

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C5575037
UMLS CUI [1,2]
C0027365
UMLS CUI [1,3]
C1561491

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Sample - Attribute Information

Name
Typ
Description | Question | Decode (Coded Value)
Datentyp
Alias
Item Group
pht003524
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
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Item
De-identified Sample ID
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Item
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Item
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Item
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Item
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