ID

45575

Descrizione

Principal Investigator: Mark Silverberg, MD., PhD, Zane Cohen Centre for Digestive Diseases, Mount Sinai Hospital, Toronto, ON, CANADA MeSH: Inflammatory Bowel Diseases,Crohn Disease,Colitis, Ulcerative,Pouchitis,Adenomatous Polyposis Coli https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000659 This study involved evaluation of the tissue associated microbiome of the ileal pouch following surgery for ulcerative colitis (UC) or familial adenomatous polyposis (FAP). Individuals were recruited, with biopsies taken from the ileal pouch and the pre-pouch ileum, microbial DNA was extracted and sequenced using 454 pyrosequencing. Total bacterial community structure and abundance were evaluated to determine which changes were characteristic of inflammatory phenotypes including pouchitis (inflammation of the ileal pouch) and a Crohn's disease-like phenotype.

collegamento

dbGaP study = phs000659

Keywords

  1. 24/01/23 24/01/23 - Simon Heim
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Mark Silverberg, MD., PhD, Zane Cohen Centre for Digestive Diseases, Mount Sinai Hospital, Toronto, ON, CANADA

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24 gennaio 2023

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dbGaP phs000659 Mount Sinai Hospital (MSH, Toronto, CANADA) pelvic pouch microbiome study

Phenotype dataset includes information about e.g. disease outcome and biopsy site.

pht003523
Descrizione

pht003523

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
De-identified Sample ID
Descrizione

SampleID

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C1299222
Barcode Sequence
Descrizione

BarcodeSequence

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C2348184
UMLS CUI [1,2]
C0004738
De-identified Subject ID
Descrizione

SUBJECT_ID

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C2348585
Sequencing batch
Descrizione

Batch

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1561491
UMLS CUI [1,2]
C1948031
Site of biopsy
Descrizione

Location

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0449705
UMLS CUI [1,2]
C0005558
Post-surgical phenotypic classification group
Descrizione

OUTCOME_GROUP

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0032790
UMLS CUI [1,2]
C0008902
UMLS CUI [1,3]
C0031437

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Phenotype dataset includes information about e.g. disease outcome and biopsy site.

Name
genere
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo di dati
Alias
Item Group
pht003523
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
SampleID
Item
De-identified Sample ID
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Item
Barcode Sequence
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Item
De-identified Subject ID
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Item
Sequencing batch
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Location
Item
Site of biopsy
string
C0449705 (UMLS CUI [1,1])
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OUTCOME_GROUP
Item
Post-surgical phenotypic classification group
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