ID

45575

Descrição

Principal Investigator: Mark Silverberg, MD., PhD, Zane Cohen Centre for Digestive Diseases, Mount Sinai Hospital, Toronto, ON, CANADA MeSH: Inflammatory Bowel Diseases,Crohn Disease,Colitis, Ulcerative,Pouchitis,Adenomatous Polyposis Coli https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000659 This study involved evaluation of the tissue associated microbiome of the ileal pouch following surgery for ulcerative colitis (UC) or familial adenomatous polyposis (FAP). Individuals were recruited, with biopsies taken from the ileal pouch and the pre-pouch ileum, microbial DNA was extracted and sequenced using 454 pyrosequencing. Total bacterial community structure and abundance were evaluated to determine which changes were characteristic of inflammatory phenotypes including pouchitis (inflammation of the ileal pouch) and a Crohn's disease-like phenotype.

Link

dbGaP study = phs000659

Palavras-chave

  1. 24/01/2023 24/01/2023 - Simon Heim
Titular dos direitos

Mark Silverberg, MD., PhD, Zane Cohen Centre for Digestive Diseases, Mount Sinai Hospital, Toronto, ON, CANADA

Transferido a

24 de janeiro de 2023

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dbGaP phs000659 Mount Sinai Hospital (MSH, Toronto, CANADA) pelvic pouch microbiome study

Phenotype dataset includes information about e.g. disease outcome and biopsy site.

pht003523
Descrição

pht003523

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
De-identified Sample ID
Descrição

SampleID

Tipo de dados

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
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C1299222
Barcode Sequence
Descrição

BarcodeSequence

Tipo de dados

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Alias
UMLS CUI [1,1]
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De-identified Subject ID
Descrição

SUBJECT_ID

Tipo de dados

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Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
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C2348585
Sequencing batch
Descrição

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Tipo de dados

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1561491
UMLS CUI [1,2]
C1948031
Site of biopsy
Descrição

Location

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0449705
UMLS CUI [1,2]
C0005558
Post-surgical phenotypic classification group
Descrição

OUTCOME_GROUP

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0032790
UMLS CUI [1,2]
C0008902
UMLS CUI [1,3]
C0031437

Similar models

Phenotype dataset includes information about e.g. disease outcome and biopsy site.

Name
Tipo
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo de dados
Alias
Item Group
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Item
De-identified Sample ID
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Item
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Item
De-identified Subject ID
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Item
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Location
Item
Site of biopsy
string
C0449705 (UMLS CUI [1,1])
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Item
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