ID

45534

Descrizione

Principal Investigator: Ranjan Deka, PhD, University of Cincinnati, Cincinnati, OH, USA MeSH: Metabolic Syndrome X,Diabetes mellitus type 2,Hypertension, Essential,Dyslipidemia,Coronary Heart Disease,Gout https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000737 The major objective of this study was to conduct a systematic genetic study of metabolic traits involved in metabolic syndrome through collection and analysis of epidemiological, demographic, environmental, and relevant biological and clinical data from a relatively isolated island population of the eastern Adriatic coast of Croatia. The population was chosen for the following reasons: 1) in spite of practicing a largely traditional life style and dietary habits, high rates of obesity, arterial hypertension, dyslipidemia and related metabolic abnormalities were found in previous studies; 2) the population was established by a relatively small number of founders, predominantly of Slavic descent from the mainland during 15th to 18th century AD, a genetically homogeneous population living in a homogeneous environment; 3) sharing a common European ancestry, a relevant population for study in the context of the general US population; 4) Croatian collaborators have been conducting anthropological and genetic studies in these communities for over three decades. There were two major aims of the study: 1) to recruit ~1200 adult participants and collect blood samples together with demographic, anthropometric, environmental and clinical data from the island of Hvar; to perform biochemical tests to measure glucose, insulin, uric acid and lipid levels; 2) conduct a genome-wide association analysis of metabolic traits and phenotypes using genome-wide SNP arrays (Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 5.0).

collegamento

dbGaP-study=phs000737

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versioni (1)
  1. 28/12/22 28/12/22 - Chiara Middel
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Ranjan Deka, PhD, University of Cincinnati, Cincinnati, OH, USA

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28 dicembre 2022

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dbGaP phs000737 NIDDK Genetics of Metabolic Syndrome in an Island Population

Inglese

The dataset provides medical history information (e.g. diagnoses of coronary heart disease, diabetes, gout, metabolic syndrom x, age of diagnosis, etc.), blood test values (n=11 variables, e.g. creatinin, glucose, HbA1c, insulin, lipids, uric acid), bloaad pressure, body structure measurements (n=13 variables, e.g. BMI, height, waist, weight, waist-to-hip ratio, biceps and abdominal skinfold thickness), and basic socio-demographic data.

6 moduli  
pht004446
Descrizione

pht004446

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
Subject ID
Descrizione

SUBJECT_ID

Tipo di dati

text

Alias
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C2348585
Sex
Descrizione

sex

Tipo di dati

text

Alias
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Descrizione

age

Tipo di dati

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Unità di misura
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Alias
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
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Alias
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Descrizione

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Tipo di dati

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Descrizione

BMI

Tipo di dati

text

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Alias
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
  • cm
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
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Alias
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Descrizione

WHR

Tipo di dati

text

Alias
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Average systolic blood pressure of 2nd and 3rd measurements (mmHg)
Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
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Average diastolic blood pressure 2nd and 3rd measurements (mmHg)
Descrizione

DBP

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • mmHg
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UMLS CUI [1,1]
C1510992
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Upper arm circumference
Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
  • mm
Alias
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Bicondilar upper arm width
Descrizione

UAW

Tipo di dati

text

Unità di misura
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Biceps skin fold thickness
Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
  • mm
Alias
UMLS CUI [1,1]
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Triceps skin fold thickness
Descrizione

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Tipo di dati

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Subscapular skin fold thickness
Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
  • mm
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Suprailiac skin fold thickness
Descrizione

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Tipo di dati

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Unità di misura
  • mm
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Abdomen skin fold thickness
Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
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S-Creatinin
Descrizione

Creatinin

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • umol/L
Alias
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umol/L
Acidum uricum
Descrizione

UricAcid

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • umol/L
Alias
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umol/L
S-Glucose (mmol/L)
Descrizione

Glucose

Tipo di dati

text

Unità di misura
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Alias
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S-Cholesterol (mmol/L)
Descrizione

Cholesterol

Tipo di dati

text

Unità di misura
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Alias
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Descrizione

Triglycerides

Tipo di dati

text

Unità di misura
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
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Alias
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Descrizione

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Tipo di dati

text

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Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
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Alias
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Descrizione

HbA1c

Tipo di dati

text

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UMLS CUI [1,1]
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Insulin
Descrizione

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Tipo di dati

text

Unità di misura
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Alias
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uIU/mL
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Descrizione

Fibrinogen

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • g/L
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0016006
g/L
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Descrizione

HBP

Tipo di dati

text

Alias
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Descrizione

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Tipo di dati

text

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  • Years
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Alias
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0003364
CHD (Do you have coronary heart disease?) in original data: 1 = yes, 2 = no
Descrizione

CHD

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0010068
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Descrizione

CHD_age

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • Years
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C0010068
Years
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
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UMLS CUI [1,3]
C0010068
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Alias
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C0010068
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C0013227
Diabetes (Do you have diabetes?) in original data: 1 = yes, 2 = no
Descrizione

Diab

Tipo di dati

text

Alias
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C0011849
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Descrizione

Diab_age

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • Years
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C0011849
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Descrizione

Diab_yr

Tipo di dati

text

Alias
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C0439234
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C0011849
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Descrizione

Diab_med

Tipo di dati

text

Alias
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Gout (Do you have gout?) in original data: 1 = yes, 2 = no
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Gout

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text

Alias
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C0018099
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Descrizione

Gout_age

Tipo di dati

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Unità di misura
  • Years
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UMLS CUI [1,1]
C0001779
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C2316983
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C0018099
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Gout (Year of diagnosis) in original data
Descrizione

Gout_yr

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0439234
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C0011900
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C0018099
Gout (medications) in original data
Descrizione

Gout_med

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0018099
UMLS CUI [1,2]
C0013227
Medications relevant for high cholesterol/triglycerides, low HDL, cardiovascular diseases, hypertension, and diabetes
Descrizione

MedDesp

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0013227
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Treatment code: T = triglycerides, H = HDL, B = hypertension, C = cardiovascular diseases, D = diabetes
Descrizione

MedCode

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C5237013
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C0041004
UMLS CUI [1,3]
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C0020538
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C0011849
Number of abnormal MS components by Adult Treatment Panel (ATP) - III definition
Descrizione

ATP_no

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1265611
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C0205161
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Descrizione

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Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0524620
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C3166873
Number of abnormal MS components by International Diabetes Federation (IF) - 2005 definition
Descrizione

IDF_no

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1265611
UMLS CUI [1,2]
C0205161
UMLS CUI [1,3]
C0524620
UMLS CUI [1,4]
C1705248
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C0016617
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MS by International Diabetes Federation (IDF) - 2005
Descrizione

IDF

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0524620
UMLS CUI [1,2]
C0016617
UMLS CUI [1,3]
C1704788
Is MS record complete? (i.e., all 5 MS component variables contain non-blank data) 1= no, 2 = yes
Descrizione

Comp

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0205197
UMLS CUI [1,2]
C0034869
UMLS CUI [1,3]
C0524620
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The dataset provides medical history information (e.g. diagnoses of coronary heart disease, diabetes, gout, metabolic syndrom x, age of diagnosis, etc.), blood test values (n=11 variables, e.g. creatinin, glucose, HbA1c, insulin, lipids, uric acid), bloaad pressure, body structure measurements (n=13 variables, e.g. BMI, height, waist, weight, waist-to-hip ratio, biceps and abdominal skinfold thickness), and basic socio-demographic data.

6 moduli
Name
genere
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo di dati
Alias
Item Group
pht004446
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
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Item
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Item
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Item
HBP (Year of diagnosis) in original data
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Item
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CHD (Do you have coronary heart disease?) in original data: 1 = yes, 2 = no
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AFFECTED (2)
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Item
CHD (Age of diagnosis) in original data
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CHD (Year of diagnosis) in original data
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Code List
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Item
Diabetes (Age of diagnosis) in original data
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C0001779 (UMLS CUI [1,1])
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Item
Diabetes (Year of diagnosis) in original data
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Item
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Gout_age
Item
Gout (Age of diagnosis) in original data
text
C0001779 (UMLS CUI [1,1])
C2316983 (UMLS CUI [1,2])
C0018099 (UMLS CUI [1,3])
Gout_yr
Item
Gout (Year of diagnosis) in original data
text
C0439234 (UMLS CUI [1,1])
C0011900 (UMLS CUI [1,2])
C0018099 (UMLS CUI [1,3])
Gout_med
Item
Gout (medications) in original data
text
C0018099 (UMLS CUI [1,1])
C0013227 (UMLS CUI [1,2])
MedDesp
Item
Medications relevant for high cholesterol/triglycerides, low HDL, cardiovascular diseases, hypertension, and diabetes
text
C0013227 (UMLS CUI [1,1])
C2347946 (UMLS CUI [1,2])
C0020557 (UMLS CUI [1,3])
C0020443 (UMLS CUI [1,4])
C0151691 (UMLS CUI [1,5])
C0007222 (UMLS CUI [1,6])
C0020538 (UMLS CUI [1,7])
C0011849 (UMLS CUI [1,8])
MedCode
Item
Treatment code: T = triglycerides, H = HDL, B = hypertension, C = cardiovascular diseases, D = diabetes
text
C5237013 (UMLS CUI [1,1])
C0041004 (UMLS CUI [1,2])
C0062152 (UMLS CUI [1,3])
C0007222 (UMLS CUI [1,4])
C0020538 (UMLS CUI [1,5])
C0011849 (UMLS CUI [1,6])
ATP_no
Item
Number of abnormal MS components by Adult Treatment Panel (ATP) - III definition
text
C1265611 (UMLS CUI [1,1])
C0205161 (UMLS CUI [1,2])
C0524620 (UMLS CUI [1,3])
C1705248 (UMLS CUI [1,4])
C3166873 (UMLS CUI [1,5])
Item
MS by Adult Treatment Panel (ATP) - III
text
C0524620 (UMLS CUI [1,1])
C3166873 (UMLS CUI [1,2])
ATP
Code List
MS by Adult Treatment Panel (ATP) - III
CL Item
UNAFFECTED (1)
C3274648 (UMLS CUI [1,1])
CL Item
AFFECTED (2)
C3274647 (UMLS CUI [1,1])
IDF_no
Item
Number of abnormal MS components by International Diabetes Federation (IF) - 2005 definition
text
C1265611 (UMLS CUI [1,1])
C0205161 (UMLS CUI [1,2])
C0524620 (UMLS CUI [1,3])
C1705248 (UMLS CUI [1,4])
C0016617 (UMLS CUI [1,5])
C1704788 (UMLS CUI [1,6])
Item
MS by International Diabetes Federation (IDF) - 2005
text
C0524620 (UMLS CUI [1,1])
C0016617 (UMLS CUI [1,2])
C1704788 (UMLS CUI [1,3])
IDF
Code List
MS by International Diabetes Federation (IDF) - 2005
CL Item
UNAFFECTED (1)
C3274648 (UMLS CUI [1,1])
CL Item
AFFECTED (2)
C3274647 (UMLS CUI [1,1])
Item
Is MS record complete? (i.e., all 5 MS component variables contain non-blank data) 1= no, 2 = yes
text
C0205197 (UMLS CUI [1,1])
C0034869 (UMLS CUI [1,2])
C0524620 (UMLS CUI [1,3])
Comp
Code List
Is MS record complete? (i.e., all 5 MS component variables contain non-blank data) 1= no, 2 = yes
CL Item
NO (1)
CL Item
YES (2)
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