ID

45424

Descrição

Principal Investigator: Timothy A. Chan, MD, PhD, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, NY MeSH: Cancer,Carcinoma, Adenoid Cystic https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000612 Adenoid cystic carcinoma (ACC) typically emanate from the major and minor salivary glands of the head and neck. ACCs have high rates of perineural invasion, locoregional recurrence, and distant metastasis. Here we report sequencing of 60 tumor/normal pairs and find substantial mutational diversity. On pathway analysis, a significant percentage of mutations involved chromatin remodeling, DNA damage, protein kinase A signaling, and FGF/IGF/PI3K signaling. Whole genome sequencing and FISH confirmed the MYB-NFIB translocation as the main structural variant in ACC. Evaluation of potential driver mutations KDM6A and PIK3CA reveal that specific, observed alterations impart functional consequences. Collectively, our data delineate the ACC mutational landscape and establish a molecular foundation for investigating new therapies for this disease.

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dbGaP study = phs000612

Palavras-chave

  1. 25/11/2022 25/11/2022 - Simon Heim
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Timothy A. Chan, MD, PhD, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, NY

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25 de novembro de 2022

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dbGaP phs000612 The mutational characterization of adenoid cystic carcinoma

Sample - Attribute Information

pht003529
Descrição

pht003529

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
De-identified Sample ID
Descrição

SAMPID

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C1299222
Stage of the disease
Descrição

Stage

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0699749
Site of the sample
Descrição

Site

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0449705
Presence of perineural invasion
Descrição

Perineural_invasion

Tipo de dados

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Alias
UMLS CUI [1,1]
C1300724
Presence of Angiolymphatic invasion
Descrição

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Tipo de dados

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Alias
UMLS CUI [1,1]
C1708790
Post-surgery treatment
Descrição

Adjuvant_treatment

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
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C0231290
UMLS CUI [1,3]
C0087111
Subtype of ACC on pathology
Descrição

Pathology

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0010606
UMLS CUI [1,2]
C0030664
MYB-NFIB status on FISH
Descrição

MYB-NFIBstatus

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4330610
UMLS CUI [1,2]
C0162789
Presence of recurrence
Descrição

Recurrence

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C2825055
Period in which patients were followed
Descrição

F/U_PERIOD(MO)

Tipo de dados

text

Unidades de medida
  • Months
Alias
UMLS CUI [1,1]
C4745109
Disease status
Descrição

Status

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C5188927
Type of analysis performed (e.g.CNV_array, sequencing)
Descrição

Analysis_type

Tipo de dados

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0936012
UMLS CUI [1,2]
C0332307
Analyte type used
Descrição

Analyte_type

Tipo de dados

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4744818
Tumor tissue yes/no
Descrição

Is_tumor

Tipo de dados

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0475358

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Sample - Attribute Information

Name
Tipo
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo de dados
Alias
Item Group
pht003529
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
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Item
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Item
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Item
Site of the sample
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Item
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Item
Presence of Angiolymphatic invasion
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Item
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Item
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Item
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Item
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Item
Period in which patients were followed
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C4745109 (UMLS CUI [1,1])
Code List
Period in which patients were followed
CL Item
Not Applicable (N/A)
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Item
Type of analysis performed (e.g.CNV_array, sequencing)
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C0936012 (UMLS CUI [1,1])
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Analyte_type
Item
Analyte type used
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C4744818 (UMLS CUI [1,1])
Is_tumor
Item
Tumor tissue yes/no
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C0475358 (UMLS CUI [1,1])

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