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This subject phenotype table contains subject IDs, family history of prostate cancer, ages at diagnosis and at surgery, prostate specific antigen (PSA) at diagnosis, treatment prior to surgey, lymphadenectomy, pathology Gleason score, pathology primary and secondary Gleason grades, total number of lymph nodes examined, number of positive lymph nodes, and estimated tumor volume (cc).

5 moduli  
pht006838
Descrizione

pht006838

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
Subject ID
Descrizione

SUBJECT_ID

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C2348585
Family History of Prostate Cancer
Descrizione

Family history

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0241889
UMLS CUI [1,2]
C0600139
Age at Diagnosis
Descrizione

Age at diagnosis

Tipo di dati

text

Unità di misura
  • years
Alias
UMLS CUI [1,1]
C1828181
years
Earliest prostate specific antigen (PSA)
Descrizione

PSA at Daignosis (or closest)

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • mg/dL
Alias
UMLS CUI [1,1]
C1279919
UMLS CUI [1,2]
C0201544
mg/dL
Treatment Before Sample Collection
Descrizione

Treatment Prior to Surgery

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0087111
UMLS CUI [1,2]
C0332152
UMLS CUI [1,3]
C0200345
Age at Surgery
Descrizione

Age at Surgery

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0001779
UMLS CUI [1,2]
C0011008
UMLS CUI [1,3]
C0543467
Lymphadenectomy
Descrizione

Lymphadenectomy

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0024203
Path Gleason Score
Descrizione

Path Gleason Score

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3203027
UMLS CUI [1,2]
C1521733
UMLS CUI [1,3]
C0243095
Path Primary Gleason Grade
Descrizione

Path Primary Gleason Grade

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0205225
UMLS CUI [1,2]
C3203027
UMLS CUI [1,3]
C1521733
UMLS CUI [1,4]
C0243095
Path Secondary Gleason Grade
Descrizione

Path Secondary Gleason Grade

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1273605
UMLS CUI [1,2]
C1521733
UMLS CUI [1,3]
C0243095
Total # L. Nodes Exam
Descrizione

Total # L. Nodes Exam

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0439810
UMLS CUI [1,2]
C0750480
UMLS CUI [1,3]
C0332128
UMLS CUI [1,4]
C0024204
# Pos. L. Nodes
Descrizione

# Pos. L. Nodes

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1446409
UMLS CUI [1,2]
C0024204
UMLS CUI [1,3]
C0750480
Est. Tumor vol. (cc)
Descrizione

Est. Tumor vol(cc)

Tipo di dati

float

Unità di misura
  • cc
Alias
UMLS CUI [1,1]
C0750572
UMLS CUI [1,2]
C0475276
cc
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This subject phenotype table contains subject IDs, family history of prostate cancer, ages at diagnosis and at surgery, prostate specific antigen (PSA) at diagnosis, treatment prior to surgey, lymphadenectomy, pathology Gleason score, pathology primary and secondary Gleason grades, total number of lymph nodes examined, number of positive lymph nodes, and estimated tumor volume (cc).

5 moduli
Name
genere
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo di dati
Alias
Item Group
pht006838
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
SUBJECT_ID
Item
Subject ID
string
C2348585 (UMLS CUI [1,1])
Item
Family History of Prostate Cancer
text
C0241889 (UMLS CUI [1,1])
C0600139 (UMLS CUI [1,2])
Family history
Code List
Family History of Prostate Cancer
CL Item
family history of prostate cancer (Yes)
Age at diagnosis
Item
Age at Diagnosis
text
C1828181 (UMLS CUI [1,1])
PSA at Daignosis (or closest)
Item
Earliest prostate specific antigen (PSA)
float
C1279919 (UMLS CUI [1,1])
C0201544 (UMLS CUI [1,2])
Item
Treatment Before Sample Collection
text
C0087111 (UMLS CUI [1,1])
C0332152 (UMLS CUI [1,2])
C0200345 (UMLS CUI [1,3])
Treatment Prior to Surgery
Code List
Treatment Before Sample Collection
CL Item
No treatment prior to sample collection (No)
Age at Surgery
Item
Age at Surgery
text
C0001779 (UMLS CUI [1,1])
C0011008 (UMLS CUI [1,2])
C0543467 (UMLS CUI [1,3])
Item
Lymphadenectomy
text
C0024203 (UMLS CUI [1,1])
Lymphadenectomy
Code List
Lymphadenectomy
CL Item
Lymphadenectomy was performed (Yes)
Path Gleason Score
Item
Path Gleason Score
text
C3203027 (UMLS CUI [1,1])
C1521733 (UMLS CUI [1,2])
C0243095 (UMLS CUI [1,3])
Path Primary Gleason Grade
Item
Path Primary Gleason Grade
text
C0205225 (UMLS CUI [1,1])
C3203027 (UMLS CUI [1,2])
C1521733 (UMLS CUI [1,3])
C0243095 (UMLS CUI [1,4])
Path Secondary Gleason Grade
Item
Path Secondary Gleason Grade
text
C1273605 (UMLS CUI [1,1])
C1521733 (UMLS CUI [1,2])
C0243095 (UMLS CUI [1,3])
Total # L. Nodes Exam
Item
Total # L. Nodes Exam
text
C0439810 (UMLS CUI [1,1])
C0750480 (UMLS CUI [1,2])
C0332128 (UMLS CUI [1,3])
C0024204 (UMLS CUI [1,4])
# Pos. L. Nodes
Item
# Pos. L. Nodes
text
C1446409 (UMLS CUI [1,1])
C0024204 (UMLS CUI [1,2])
C0750480 (UMLS CUI [1,3])
Est. Tumor vol(cc)
Item
Est. Tumor vol. (cc)
float
C0750572 (UMLS CUI [1,1])
C0475276 (UMLS CUI [1,2])
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