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This sample attributes table includes body site where sample was collected, analyte type, histological type, tumor status, primary tumor location, metastasis, stage, grade, treatment, genotyping center, and sequencing center.

4 moduli  
pht007902
Descrizione

pht007902

Alias
UMLS CUI [1,1]
C3846158
De-identified Sample ID
Descrizione

SAMPLE_ID

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4684638
UMLS CUI [1,2]
C1299222
Site where sample was collected
Descrizione

XENOGRAFT

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1515974
UMLS CUI [1,2]
C0200345
Analyte Type
Descrizione

ANALYTE_TYPE

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C4744818
Tumor status
Descrizione

IS_TUMOR

Tipo di dati

text

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0475752
Cell or tissue type or subtype of sample
Descrizione

HISTOLOGICAL_TYPE

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C2347026
UMLS CUI [1,2]
C0007634
UMLS CUI [1,3]
C0332307
UMLS CUI [2,1]
C2347026
UMLS CUI [2,2]
C0007634
UMLS CUI [2,3]
C0449560
UMLS CUI [3,1]
C1292533
UMLS CUI [3,2]
C0332307
UMLS CUI [4,1]
C1292533
UMLS CUI [4,2]
C0449560
Primary tumor, metastasis, or transformed cell line
Descrizione

PRIMARY_METASTATIC_TUMOR

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0677930
UMLS CUI [2,1]
C0027627
UMLS CUI [3,1]
C0007601
Primary tumor location
Descrizione

PRIMARY_TUMOR_LOCATION

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0475447
Tumor stage of sample
Descrizione

TUMOR_STAGE

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1300072
UMLS CUI [1,2]
C2347026
Tumor grade of sample
Descrizione

TUMOR_GRADE

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0919553
UMLS CUI [1,2]
C2347026
Type of tumor treatment for sample
Descrizione

TUMOR_TREATMENT

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C0087111
UMLS CUI [1,2]
C0332307
UMLS CUI [1,3]
C0006826
UMLS CUI [1,4]
C2347026
Name of the center which conducted genotyping
Descrizione

GENOTYPING_CENTER

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1301943
UMLS CUI [1,2]
C5575037
UMLS CUI [1,3]
C1285573
Name of the center which conducted sequencing
Descrizione

SEQUENCING_CENTER

Tipo di dati

string

Alias
UMLS CUI [1,1]
C1301943
UMLS CUI [1,2]
C5575037
UMLS CUI [1,3]
C1561491
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This sample attributes table includes body site where sample was collected, analyte type, histological type, tumor status, primary tumor location, metastasis, stage, grade, treatment, genotyping center, and sequencing center.

4 moduli
Name
genere
Description | Question | Decode (Coded Value)
Tipo di dati
Alias
Item Group
pht007902
C3846158 (UMLS CUI [1,1])
SAMPLE_ID
Item
De-identified Sample ID
string
C4684638 (UMLS CUI [1,1])
C1299222 (UMLS CUI [1,2])
XENOGRAFT
Item
Site where sample was collected
string
C1515974 (UMLS CUI [1,1])
C0200345 (UMLS CUI [1,2])
ANALYTE_TYPE
Item
Analyte Type
string
C4744818 (UMLS CUI [1,1])
Item
Tumor status
text
C0475752 (UMLS CUI [1,1])
IS_TUMOR
Code List
Tumor status
CL Item
Is not a tumor (N)
C0027651 (UMLS CUI [1,1])
C1518422 (UMLS CUI [1,2])
CL Item
Is Tumor (Y)
C0027651 (UMLS CUI [1,1])
HISTOLOGICAL_TYPE
Item
Cell or tissue type or subtype of sample
string
C2347026 (UMLS CUI [1,1])
C0007634 (UMLS CUI [1,2])
C0332307 (UMLS CUI [1,3])
C2347026 (UMLS CUI [2,1])
C0007634 (UMLS CUI [2,2])
C0449560 (UMLS CUI [2,3])
C1292533 (UMLS CUI [3,1])
C0332307 (UMLS CUI [3,2])
C1292533 (UMLS CUI [4,1])
C0449560 (UMLS CUI [4,2])
PRIMARY_METASTATIC_TUMOR
Item
Primary tumor, metastasis, or transformed cell line
string
C0677930 (UMLS CUI [1,1])
C0027627 (UMLS CUI [2,1])
C0007601 (UMLS CUI [3,1])
PRIMARY_TUMOR_LOCATION
Item
Primary tumor location
string
C0475447 (UMLS CUI [1,1])
TUMOR_STAGE
Item
Tumor stage of sample
string
C1300072 (UMLS CUI [1,1])
C2347026 (UMLS CUI [1,2])
TUMOR_GRADE
Item
Tumor grade of sample
string
C0919553 (UMLS CUI [1,1])
C2347026 (UMLS CUI [1,2])
TUMOR_TREATMENT
Item
Type of tumor treatment for sample
string
C0087111 (UMLS CUI [1,1])
C0332307 (UMLS CUI [1,2])
C0006826 (UMLS CUI [1,3])
C2347026 (UMLS CUI [1,4])
GENOTYPING_CENTER
Item
Name of the center which conducted genotyping
string
C1301943 (UMLS CUI [1,1])
C5575037 (UMLS CUI [1,2])
C1285573 (UMLS CUI [1,3])
SEQUENCING_CENTER
Item
Name of the center which conducted sequencing
string
C1301943 (UMLS CUI [1,1])
C5575037 (UMLS CUI [1,2])
C1561491 (UMLS CUI [1,3])
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